港股通按港元算吗？

是的，买港股通股票，是把人民币换算成港元后来买的。按港元计算。
同理，在香港买沪深A股，就需要把那边的港元换算成人民币来买。
换算的工作软件已经自动完成，买的时候会自动显示可以买多少。