港股通按港元算吗？

因为港股通是在国内发行的，主要投资者是国内投资者，所有当然得采用人民币进行交收。
当日收盘后，中国结算根据全市场港股通成交的清算净额（单边，净应付或净应收），在香港与换汇银行换汇后，将换汇成本均摊至根据当日所有买入成交和卖出成交所计算出的对投资者当日成交进行人民币资金结算所实际适用的汇率。